محدودیت اصلی روش FTA ، ضعف احتمالی آن در شناسایی کلیه رویدادهایی است که می توانند به وقوع رویداد اصلی کمک کنند که دلیل اصلی این امر می تواند عدم تجربه و آگاهی کافی محقق از وظیفه و رفتار سیستم باشد .
محدودیت دیگر این روش مشکل بودن  تعیین  احتمال وقوع شکستها است هر چند که داده های زیادی از طریق بانکهای اطلاعاتی مهندسی ، قابلیت اعتماد منابع دیگر در دسترسند ولی تعیین احتمال دقیق شکستها بویژه خطاهای انسانی بسیار مشکل می باشد زیرا رفتار انسانها در شرایط مختلف نظیر خستگی ، حواس پرتی ، فشارهای روانی  و غیره متفاوت می باشد . بعلاوه رفتار افراد مختلف در شرایط یکسان نیز متفاوت است .